Sejak jaman Majapahit toleransi dan managemen kehidupan beragama sudah terbilang sangat rapi. Dalam struktur kerajaan ini awalnya dikenal tiga lembaga pemangku urusan agama.
1). Dharmadyaksa Kasyaiwan (mengurus agama Hindu-Syiwa)
2). Dharmadyaksa Kasogatan (mengurus agama Budha)
3). Mantri Herhaji (mengurus perihal agama resi dan berbagai agama lokal seperti agama. Kaharingan, Kapitayan, Sunda Wiwitan dan lain-lain.

Belakangan pada saat pamor majapahit mulai meredup dan terjadi berbagai bibit pemberontakan dan degradasi kehidupan sosial di masyarakat Majapahit, tepatnya pada 1440 atau 7 tahun setelah kedatangan Cheng Ho yang terakhir di Jawa (1433), Keluarga ulama asal Champa (Vietnam Selatan) yakni syech Ibrahim As-Samarqondi dan kedua putranya Ali Murtadho dan Ali Rahmatullah mendarat di Tuban, Jawa Timur. 

Syech Ibrahim sendiri akhirnya wafat dan dimakamkan di daerah ini. Sementara kedua putranya datang kepada bibinya, putri Dwarawati yg adalah permaisuri Kertawijaya, raja Majapahit. Selanjutnya kedua kakak beradik itu diangkat menjadi keluarga kerajaan dengan gelar Raden Rahmat (ditunjuk sebagai Imam pemeluk agama Islam yang berpusat di wilayah Surabaya) dan Raden Ali Murtolo ato dikenal dengan Raden Santri (sebagai raja pandhita), berkedudukan di Gresik. 

Pada saat inilah terdapat pemekaran struktur jabatan bidang keagamaan yang ke-4, yakni jabatan Raja Pandhita (kementrian yang secara khusus mengurusi para pemeluk agama Islam). Raden Rahmat yang menjadi imam di Surabaya selanjutnya lebih dikenal sebagai Sunan Ampel, merujuk pasa tempat beliau memusatkan aktifitas pengajaran dan da'wahnya, yakni (ng)Ampel Denta. Beliau inilah sesepuh dan inisiator gerakan Walisongo). 

* Sumber berdasarkan catatan sejarah K. Ng. H. Agus Sunyoto dalam sebuah diskusi.